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在(zai)分子(zi)生(sheng)物學的(de)(de)微觀(guan)世界(jie)里,DNA宛如生(sheng)命(ming)的(de)(de)密碼本,承(cheng)載著生(sheng)物體(ti)遺(yi)傳(chuan)信息(xi)的(de)(de)藍圖。而對DNA的(de)(de)深(shen)入(ru)研(yan)究,離不開對其進行(xing)精確的(de)(de)片段化處理(li)。超聲(sheng)波DNA 斷儀,作為(wei)現代(dai)分子(zi)生(sheng)物學實驗(yan)(yan)室中的(de)(de)關鍵設備,憑借(jie)其的(de)(de)技(ji)術(shu)優勢,成為(wei)科研(yan)人員探索基(ji)因奧(ao)秘的(de)(de)得力助手。它如同一位精細的(de)(de) “分子(zi)剪(jian)刀手",能夠(gou)按照實驗(yan)(yan)需求,將長(chang)鏈DNA精準地切割成特定長(chang)度(du)的(de)(de)片段,為(wei)后續的(de)(de)基(ji)因測序、基(ji)因編輯(ji)、文庫(ku)構建等(deng)研(yan)究工(gong)作奠定基(ji)礎。
一、超聲波DNA打斷儀的工作原理深度剖析
(一)空化效應主導的分子斷裂機制
超(chao)(chao)(chao)聲(sheng)波(bo)DNA打斷儀的(de)(de)(de)核心(xin)工作原理(li)基于超(chao)(chao)(chao)聲(sheng)波(bo)在液體(ti)介質中引發的(de)(de)(de)空化(hua)效應。當儀器發射(she)(she)出高(gao)頻(pin)超(chao)(chao)(chao)聲(sheng)波(bo)時(shi)(shi),這些聲(sheng)波(bo)在含有DNA樣本的(de)(de)(de)緩沖(chong)液中傳播,使液體(ti)分(fen)子(zi)(zi)產生劇(ju)烈振動(dong)。在聲(sheng)波(bo)的(de)(de)(de)負(fu)壓(ya)相階段(duan),液體(ti)中的(de)(de)(de)微小氣(qi)泡(pao)(空化(hua)核)迅速膨脹(zhang)(zhang);而(er)(er)在正壓(ya)相階段(duan),氣(qi)泡(pao)又急劇(ju)崩(beng)潰。這種氣(qi)泡(pao)的(de)(de)(de)快速膨脹(zhang)(zhang)與崩(beng)潰過(guo)(guo)(guo)程,被稱為空化(hua)效應。在氣(qi)泡(pao)崩(beng)潰的(de)(de)(de)瞬(shun)間,會產生局部(bu)高(gao)溫(可達 5000K)、高(gao)壓(ya)(超(chao)(chao)(chao)過(guo)(guo)(guo) 1000atm)以及(ji)強(qiang)烈的(de)(de)(de)沖(chong)擊波(bo)和(he)微射(she)(she)流,其能(neng)量足以破壞(huai)DNA分(fen)子(zi)(zi)的(de)(de)(de)磷酸二酯(zhi)鍵,從而(er)(er)實現DNA的(de)(de)(de)打斷。例(li)如,在對大腸桿菌基因組DNA進行片(pian)段(duan)化(hua)處理(li)時(shi)(shi),通過(guo)(guo)(guo)控(kong)制超(chao)(chao)(chao)聲(sheng)波(bo)的(de)(de)(de)功率、頻(pin)率和(he)作用時(shi)(shi)間,空化(hua)效應能(neng)夠將原本長達數百萬(wan)堿(jian)基對的(de)(de)(de)DNA分(fen)子(zi)(zi),精準地打斷成實驗所需長度的(de)(de)(de)片(pian)段(duan),如用于二代測序的(de)(de)(de) 300 - 500bp片(pian)段(duan)。
(二)頻率與能量的協同調控
除了(le)空化(hua)效(xiao)(xiao)應,超(chao)(chao)聲波的(de)(de)(de)頻(pin)率(lv)(lv)和輸(shu)出(chu)能(neng)量(liang)也是影響(xiang)DNA打斷效(xiao)(xiao)果的(de)(de)(de)關鍵因(yin)素。不同頻(pin)率(lv)(lv)的(de)(de)(de)超(chao)(chao)聲波在液(ye)體中的(de)(de)(de)傳播(bo)特性(xing)和能(neng)量(liang)分(fen)(fen)布有所差異。一般來說,較(jiao)(jiao)低頻(pin)率(lv)(lv)的(de)(de)(de)超(chao)(chao)聲波(如 20 - 100kHz)能(neng)夠產(chan)(chan)生(sheng)較(jiao)(jiao)大(da)(da)尺寸(cun)的(de)(de)(de)空化(hua)氣泡,其崩潰時釋放的(de)(de)(de)能(neng)量(liang)較(jiao)(jiao)高(gao),適合(he)打斷較(jiao)(jiao)長(chang)的(de)(de)(de)DNA片(pian)(pian)(pian)段(duan);而(er)較(jiao)(jiao)高(gao)頻(pin)率(lv)(lv)的(de)(de)(de)超(chao)(chao)聲波(如 100kHz - 1MHz)產(chan)(chan)生(sheng)的(de)(de)(de)空化(hua)氣泡較(jiao)(jiao)小且數量(liang)更多,能(neng)量(liang)分(fen)(fen)布更為均勻(yun),更有利于獲得(de)相(xiang)對較(jiao)(jiao)短且大(da)(da)小均一的(de)(de)(de)DNA片(pian)(pian)(pian)段(duan)。同時,儀器的(de)(de)(de)能(neng)量(liang)輸(shu)出(chu)可(ke)(ke)通過(guo)(guo)功率(lv)(lv)調(diao)節(jie)(jie)旋(xuan)鈕或軟件(jian)(jian)參(can)數設置進(jin)行控(kong)制。增(zeng)加輸(shu)出(chu)功率(lv)(lv),空化(hua)效(xiao)(xiao)應增(zeng)強(qiang),DNA打斷速度加快,但過(guo)(guo)高(gao)的(de)(de)(de)功率(lv)(lv)可(ke)(ke)能(neng)導致DNA過(guo)(guo)度斷裂(lie)和降解(jie)。因(yin)此(ci),在實際操(cao)作中,科研人員需(xu)要(yao)(yao)根據(ju) DNA樣本的(de)(de)(de)初始長(chang)度、目標(biao)片(pian)(pian)(pian)段(duan)大(da)(da)小以及(ji)實驗要(yao)(yao)求,精細地調(diao)節(jie)(jie)超(chao)(chao)聲波的(de)(de)(de)頻(pin)率(lv)(lv)和能(neng)量(liang),以達到最佳(jia)的(de)(de)(de)打斷效(xiao)(xiao)果。例如,在構建用于全基因(yin)組(zu)關聯分(fen)(fen)析的(de)(de)(de)DNA文庫時,需(xu)要(yao)(yao)將基因(yin)組(zu)DNA打斷成 200 - 300bp 的(de)(de)(de)片(pian)(pian)(pian)段(duan),此(ci)時可(ke)(ke)選擇較(jiao)(jiao)高(gao)頻(pin)率(lv)(lv)(如 300kHz)和適中的(de)(de)(de)功率(lv)(lv),通過(guo)(guo)多次優化(hua)實驗條件(jian)(jian),確(que)保獲得(de)的(de)(de)(de)DNA片(pian)(pian)(pian)段(duan)大(da)(da)小符合(he)要(yao)(yao)求且片(pian)(pian)(pian)段(duan)分(fen)(fen)布集(ji)中。
二、超聲波DNA打斷儀的結構組成精妙設計
(一)超聲波發生器:能量的源頭
超(chao)聲(sheng)波(bo)(bo)發生器(qi)(qi)是(shi)超(chao)聲(sheng)波(bo)(bo)DNA打斷儀的核(he)心部件之(zhi)一,其作用是(shi)將市電(dian)(dian)轉(zhuan)換為(wei)高(gao)(gao)頻交流(liu)(liu)(liu)電(dian)(dian)信(xin)號(hao),為(wei)換能(neng)(neng)(neng)器(qi)(qi)提(ti)(ti)供驅動能(neng)(neng)(neng)量。發生器(qi)(qi)內(nei)部通常包含電(dian)(dian)源(yuan)電(dian)(dian)路(lu)、頻率(lv)(lv)(lv)合成(cheng)器(qi)(qi)、功(gong)(gong)率(lv)(lv)(lv)放(fang)(fang)大器(qi)(qi)等模塊。電(dian)(dian)源(yuan)電(dian)(dian)路(lu)負責將 220V 或 110V 的交流(liu)(liu)(liu)電(dian)(dian)轉(zhuan)換為(wei)適合儀器(qi)(qi)內(nei)部電(dian)(dian)路(lu)工(gong)作的直流(liu)(liu)(liu)電(dian)(dian)壓;頻率(lv)(lv)(lv)合成(cheng)器(qi)(qi)能(neng)(neng)(neng)夠精確(que)(que)產生所需頻率(lv)(lv)(lv)的高(gao)(gao)頻電(dian)(dian)信(xin)號(hao),常見(jian)的頻率(lv)(lv)(lv)范圍為(wei) 20kHz - 1MHz,且頻率(lv)(lv)(lv)分(fen)辨(bian)率(lv)(lv)(lv)可(ke)達 1kHz 甚至(zhi)更高(gao)(gao);功(gong)(gong)率(lv)(lv)(lv)放(fang)(fang)大器(qi)(qi)則對頻率(lv)(lv)(lv)合成(cheng)器(qi)(qi)輸(shu)出(chu)的信(xin)號(hao)進(jin)行(xing)功(gong)(gong)率(lv)(lv)(lv)放(fang)(fang)大,以(yi)滿足換能(neng)(neng)(neng)器(qi)(qi)對驅動能(neng)(neng)(neng)量的需求(qiu),輸(shu)出(chu)功(gong)(gong)率(lv)(lv)(lv)一般在幾十(shi)瓦到數百瓦之(zhi)間(jian)。例如(ru),某(mou)款超(chao)聲(sheng)波(bo)(bo)DNA打斷儀的發生器(qi)(qi)可(ke)提(ti)(ti)供 20 - 800kHz 連續可(ke)調的頻率(lv)(lv)(lv),功(gong)(gong)率(lv)(lv)(lv)輸(shu)出(chu)范圍為(wei) 0 - 300W,通過高(gao)(gao)精度的電(dian)(dian)路(lu)設計和數字控制技術(shu),確(que)(que)保輸(shu)出(chu)信(xin)號(hao)的穩定性和準確(que)(que)性,為(wei)后續的DNA打斷過程提(ti)(ti)供可(ke)靠(kao)的能(neng)(neng)(neng)量保障。
(二)壓電換能器:電能到機械能的轉換樞紐
壓電(dian)換(huan)(huan)能器(qi)(qi)是實(shi)(shi)現電(dian)能與機(ji)械(xie)能相互轉換(huan)(huan)的(de)(de)(de)(de)關鍵(jian)組(zu)件。它利用壓電(dian)材(cai)料(如鋯鈦酸鉛 PZT 等(deng))的(de)(de)(de)(de)壓電(dian)效應,當來(lai)自(zi)超(chao)聲波發(fa)生器(qi)(qi)的(de)(de)(de)(de)高(gao)頻電(dian)信號施加到(dao)壓電(dian)換(huan)(huan)能器(qi)(qi)上時,壓電(dian)材(cai)料會發(fa)生周期性的(de)(de)(de)(de)伸縮變形,從而將電(dian)能轉換(huan)(huan)為同頻率(lv)(lv)的(de)(de)(de)(de)機(ji)械(xie)振(zhen)動,即超(chao)聲波。這種機(ji)械(xie)振(zhen)動通過換(huan)(huan)能器(qi)(qi)的(de)(de)(de)(de)輻(fu)射面(mian)傳遞到(dao)含有(you)DNA樣(yang)(yang)本(ben)的(de)(de)(de)(de)液體介質中,引發(fa)空化(hua)效應實(shi)(shi)現DNA打(da)斷。換(huan)(huan)能器(qi)(qi)的(de)(de)(de)(de)設計(ji)和性能對超(chao)聲波的(de)(de)(de)(de)發(fa)射效率(lv)(lv)和能量分布有(you)著(zhu)重(zhong)要影響。常見的(de)(de)(de)(de)壓電(dian)換(huan)(huan)能器(qi)(qi)有(you)夾心式(shi)、圓盤式(shi)等(deng)結構,不同結構適用于(yu)不同的(de)(de)(de)(de)應用場景(jing)。例如,夾心式(shi)換(huan)(huan)能器(qi)(qi)具有(you)較(jiao)(jiao)高(gao)的(de)(de)(de)(de)機(ji)電(dian)轉換(huan)(huan)效率(lv)(lv)和功(gong)率(lv)(lv)容(rong)量,適用于(yu)需(xu)要大功(gong)率(lv)(lv)輸出的(de)(de)(de)(de) DNA 打(da)斷實(shi)(shi)驗;圓盤式(shi)換(huan)(huan)能器(qi)(qi)則具有(you)較(jiao)(jiao)好的(de)(de)(de)(de)平面(mian)方(fang)向(xiang)性,能使超(chao)聲波在一定區域內(nei)均勻分布,適合對樣(yang)(yang)本(ben)均一性要求較(jiao)(jiao)高(gao)的(de)(de)(de)(de)實(shi)(shi)驗。此(ci)外,為了(le)提高(gao)換(huan)(huan)能器(qi)(qi)的(de)(de)(de)(de)性能和穩定性,部分換(huan)(huan)能器(qi)(qi)還采用了(le)特殊的(de)(de)(de)(de)材(cai)料涂層(ceng)和封(feng)裝(zhuang)工藝(yi),以減少能量損耗和防止(zhi)液體侵蝕。
(三)樣品處理腔室:DNA片段化的舞臺
樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)處(chu)(chu)理(li)腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)是放置DNA樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)本(ben)進行打(da)斷(duan)(duan)操作(zuo)的(de)(de)(de)空間,其設計直接關系(xi)到(dao)實(shi)驗(yan)(yan)的(de)(de)(de)便捷性、安全(quan)性和(he)結果(guo)的(de)(de)(de)準確(que)性。腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)通常由耐腐蝕(shi)的(de)(de)(de)材料(如(ru)不(bu)銹(xiu)鋼(gang)、聚四氟乙(yi)烯等)制成(cheng),以防止樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)本(ben)溶(rong)液對(dui)儀器造(zao)成(cheng)腐蝕(shi)。腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)內設有樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)放置架或樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)槽,用(yong)于固定裝(zhuang)有DNA樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)本(ben)的(de)(de)(de)離(li)心管(guan)、PCR 管(guan)或 96 孔(kong)板等容(rong)器。一(yi)些先進的(de)(de)(de)超聲(sheng)(sheng)波DNA打(da)斷(duan)(duan)儀配(pei)備(bei)了(le)(le)自動化的(de)(de)(de)樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)處(chu)(chu)理(li)系(xi)統,如(ru)自動進樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)器和(he)樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)混勻裝(zhuang)置。自動進樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)器能(neng)夠按照預設程(cheng)序依次將多(duo)個(ge)(ge)樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)送入(ru)處(chu)(chu)理(li)腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)進行打(da)斷(duan)(duan)操作(zuo),大大提(ti)高(gao)了(le)(le)實(shi)驗(yan)(yan)效(xiao)率;樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)混勻裝(zhuang)置則(ze)在打(da)斷(duan)(duan)過程(cheng)中對(dui)樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)進行輕柔攪拌或振(zhen)蕩,確(que)保樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)本(ben)溶(rong)液中的(de)(de)(de)DNA分子均勻受(shou)到(dao)超聲(sheng)(sheng)波作(zuo)用(yong),提(ti)高(gao)打(da)斷(duan)(duan)效(xiao)果(guo)的(de)(de)(de)一(yi)致性。同(tong)時,為了(le)(le)避免超聲(sheng)(sheng)波能(neng)量在傳(chuan)播過程(cheng)中損失以及減少外(wai)界(jie)環境對(dui)實(shi)驗(yan)(yan)的(de)(de)(de)干擾,樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)處(chu)(chu)理(li)腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)通常具有良(liang)好的(de)(de)(de)隔(ge)音和(he)隔(ge)熱性能(neng)。例如(ru),某款多(duo)通道超聲(sheng)(sheng)波DNA打(da)斷(duan)(duan)儀的(de)(de)(de)樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin)處(chu)(chu)理(li)腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)可(ke)同(tong)時容(rong)納 8 個(ge)(ge) 1.5ml 離(li)心管(guan)或 24 個(ge)(ge) 0.2ml PCR 管(guan),配(pei)備(bei)的(de)(de)(de)自動進樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)器一(yi)次可(ke)裝(zhuang)載(zai) 96 個(ge)(ge)樣(yang)(yang)(yang)(yang)(yang)品(pin)(pin),能(neng)夠滿足高(gao)通量實(shi)驗(yan)(yan)的(de)(de)(de)需求;腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)采用(yong)雙層不(bu)銹(xiu)鋼(gang)結構,并填充隔(ge)音材料,有效(xiao)降低(di)了(le)(le)超聲(sheng)(sheng)波噪音對(dui)外(wai)界(jie)的(de)(de)(de)影響,同(tong)時維持了(le)(le)腔(qiang)室(shi)(shi)(shi)內溫度(du)的(de)(de)(de)穩(wen)定,為DNA打(da)斷(duan)(duan)實(shi)驗(yan)(yan)提(ti)供了(le)(le)理(li)想的(de)(de)(de)環境。
(四)溫度控制系統:呵護DNA的穩定
在(zai)超(chao)聲波打斷DNA的(de)(de)(de)(de)過程中,空(kong)化(hua)效(xiao)應產生的(de)(de)(de)(de)局部(bu)高(gao)溫(wen)(wen)(wen)(wen)可能(neng)(neng)會對(dui)DNA的(de)(de)(de)(de)結構和(he)(he)完(wan)整性造成(cheng)損害,因此精確(que)的(de)(de)(de)(de)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)控(kong)制(zhi)至(zhi)關(guan)重要。超(chao)聲波DNA打斷儀通常配備有完(wan)善的(de)(de)(de)(de)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)控(kong)制(zhi)系統,其主要由(you)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)傳(chuan)感(gan)器、制(zhi)冷(leng)(leng)裝(zhuang)置(zhi)(如半(ban)導(dao)(dao)體致冷(leng)(leng)器、循環(huan)(huan)冷(leng)(leng)水(shui)機等)和(he)(he)加(jia)熱裝(zhuang)置(zhi)(如加(jia)熱絲、陶瓷加(jia)熱片等)組成(cheng)。溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)傳(chuan)感(gan)器實(shi)時(shi)監測樣品處理腔(qiang)室(shi)內的(de)(de)(de)(de)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du),并將(jiang)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)信號反(fan)饋給儀器的(de)(de)(de)(de)控(kong)制(zhi)系統。當腔(qiang)室(shi)內溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)高(gao)于(yu)設(she)定值(zhi)時(shi),制(zhi)冷(leng)(leng)裝(zhuang)置(zhi)啟動,通過熱交(jiao)換將(jiang)熱量帶走,降(jiang)低腔(qiang)室(shi)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du);反(fan)之,當溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)低于(yu)設(she)定值(zhi)時(shi),加(jia)熱裝(zhuang)置(zhi)工作,對(dui)腔(qiang)室(shi)進行(xing)加(jia)熱升溫(wen)(wen)(wen)(wen)。通過這(zhe)種(zhong)閉環(huan)(huan)控(kong)制(zhi)方式(shi),能(neng)(neng)夠(gou)將(jiang)腔(qiang)室(shi)內溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)精確(que)控(kong)制(zhi)在(zai)設(she)定范圍(wei)內,一般可控(kong)制(zhi)在(zai) ±1℃甚(shen)至(zhi)更(geng)高(gao)的(de)(de)(de)(de)精度(du)(du)(du)(du)(du)。例(li)如,在(zai)進行(xing)對(dui)熱敏感(gan)的(de)(de)(de)(de) RNA - DNA雜交(jiao)樣本(ben)的(de)(de)(de)(de)DNA打斷實(shi)驗時(shi),需要將(jiang)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)嚴(yan)格(ge)控(kong)制(zhi)在(zai) 4℃左右,以防止 RNA 降(jiang)解(jie)(jie)和(he)(he) DNA - RNA雜交(jiao)體的(de)(de)(de)(de)解(jie)(jie)離。某款(kuan)超(chao)聲波 DNA 打斷儀采(cai)用了(le)先進的(de)(de)(de)(de)半(ban)導(dao)(dao)體致冷(leng)(leng)技術和(he)(he)高(gao)精度(du)(du)(du)(du)(du)的(de)(de)(de)(de)溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)傳(chuan)感(gan)器,能(neng)(neng)夠(gou)快速響(xiang)應溫(wen)(wen)(wen)(wen)度(du)(du)(du)(du)(du)變化(hua),確(que)保在(zai)長時(shi)間的(de)(de)(de)(de)超(chao)聲波打斷過程中,樣品始(shi)終處于(yu)穩(wen)定的(de)(de)(de)(de)低溫(wen)(wen)(wen)(wen)環(huan)(huan)境,有效(xiao)保護了(le)DNA和(he)(he)RNA的(de)(de)(de)(de)結構完(wan)整性,為后(hou)續的(de)(de)(de)(de)實(shi)驗分析提供了(le)可靠的(de)(de)(de)(de)樣本(ben)。

三、超聲波DNA打斷儀的廣泛應用惠及多領域
(一)基因測序領域的基石作用
二代測序(NGS)的前期關鍵步驟:在二代測序技術流程中,將基因組DNA打斷成合適長度的片段是構建測序文庫的首要任務。超聲波DNA打斷儀能夠將長鏈基因組 DNA 隨機打斷成 300 - 800bp 的片段,這些片段經過末端修復、加 A 尾、連接測序接頭等一系列處理后,可用于高通量測序。例如,在人類全基因組測序項目中,科研人員利用超聲波DNA打斷儀對人類基因組DNA進行片段化處理,隨后構建文庫并在 Illumina 測序平臺上進行測序,獲得了海量的短讀長序列數據。通過對這些數據的拼接和分析,成功繪制出人類基因組圖譜,為研究人類遺傳信息、疾病相關基因等提供了基礎數據。
三代測序中的長讀長片段制備:三代測序技術(如 PacBio RS 和 Nanopore 測序)雖然能夠直接讀取較長的DNA片段,但在某些應用場景下,仍需要對DNA進行適度的片段化處理。超聲波DNA打斷儀可將超長的DNA分子(如數十 kb 甚至上百 kb)打斷成適合三代測序儀檢測范圍的長讀長片段(如 10 - 20kb)。這些長片段能夠跨越基因組中的復雜區域,有助于解決基因組組裝中的重復序列難題,提高基因組組裝的準確性和完整性。例如,在對植物基因組進行測序時,由于植物基因組中存在大量的重復序列和復雜結構,使用超聲波DNA打斷儀制備長讀長片段,結合三代測序技術,能夠更準確地解析植物基因組的結構和功能,為植物遺傳育種、基因功能研究等提供有力支持。
(二)基因編輯領域的精準助力
CRISPR - Cas 系統的高效應用:在基于 CRISPR - Cas 的基因編輯技術中,需要將外源的DNA片段(如供體 DNA)導入細胞內,與基因組中的目標位點進行同源重組,實現對基因的精確編輯。超聲波DNA打斷儀可用于制備與目標基因具有同源臂的供體DNA片段,其長度和序列可根據實驗需求進行精確控制。通過將供體DNA片段與 CRISPR - Cas 系統共同導入細胞,能夠提高基因編輯的效率和準確性。例如,在對小鼠胚胎干細胞進行基因敲入實驗時,利用超聲波DNA打斷儀制備含有特定基因序列和同源臂的供體DNA片段,與 CRISPR - Cas9 系統共同轉染小鼠胚胎干細胞,成功實現了對目標基因的定點敲入,為研究基因功能和構建疾病模型提供了重要手段。
鋅指核酸酶(ZFN)和轉錄激活樣效應因子核酸酶(TALEN)技術的支持:ZFN 和 TALEN 技術同樣依賴于對DNA分子的精確切割和修復。超聲波 DNA 打斷儀可以用于制備用于 ZFN 和 TALEN 識別和切割的 DNA 靶標片段,通過對這些片段的研究和優化,能夠更好地設計和構建具有高效活性的 ZFN 和 TALEN 蛋白。同時,在利用 ZFN 和 TALEN 進行基因編輯的過程中,超聲波DNA打斷儀制備的DNA片段也可作為修復模板,促進細胞對切割后的DNA進行準確修復,實現基因編輯的目的。例如,在對植物基因進行編輯以提高植物抗逆性的研究中,利用超聲波DNA打斷儀制備的 DNA片段,結合ZFN技術,成功對植物中的相關基因進行了編輯,獲得了具有抗干旱和抗病蟲害特性的轉基因植物新品種。
(三)醫學診斷與治療領域的新興力量
疾病相關基因的檢測與分析:在遺傳病診斷、腫瘤基因檢測等領域,超聲波DNA打斷儀可用于處理患者的DNA樣本,將其基因組DNA打斷成適合后續分子檢測的片段。通過對這些片段進行PCR擴增、測序或其他分子生物學分析,能夠檢測出基因的突變、缺失、擴增等異常情況,為疾病的早期診斷和精準治療提供依據。例如,在乳腺癌的早期診斷中,利用超聲波DNA打斷儀對患者血液中的游離DNA(cfDNA)進行片段化處理,結合二代測序技術,能夠檢測出與乳腺癌相關的基因突變,如 BRCA1和BRCA2基因的突變,有助于早期發現乳腺癌的潛在風險,為患者制定個性化的治療方案。
基因治療藥物的研發:基因治療是一種新興的治療手段,通過將正常基因導入患者體內,替代或修復缺陷基因,從而達到治療疾病的目的。在基因治療藥物的研發過程中,需要構建合適的基因載體,如病毒載體或非病毒載體。超聲波DNA打斷儀可用于制備用于構建基因載體的 DNA片段,這些片段包含治療基因、調控元件等。同時,在將基因載體導入細胞或體內的過程中,超聲波DNA打斷儀產生的超聲波還可用于促進細胞對基因載體的攝取,提高基因治療的效率。例如,在針對遺傳性免疫缺陷病的基因治療研究中,利用超聲波DNA打斷儀制備含有正常免疫相關基因的DNA片段,并將其整合到慢病毒載體中,通過超聲波輔助轉染技術,將攜帶治療基因的慢病毒載體導入患者的造血干細胞中,經過體外培養和擴增后,回輸到患者體內,有望恢復患者的免疫功能,為遺傳性免疫缺陷病的治療帶來新的希望。